Seluruh naskah yang dikirimkan ke AFAQ: Jurnal Studi Islam akan melalui proses pemeriksaan plagiarisme sebelum memasuki tahap peer review. Pemeriksaan dilakukan menggunakan perangkat lunak pendeteksi plagiarisme, seperti iThenticate, untuk memastikan orisinalitas dan integritas akademik setiap naskah.

Jurnal ini menetapkan batas maksimal tingkat kemiripan (similarity index) sebesar 30%, dengan tingkat keunikan (originality) minimal 70%. Naskah yang melebihi batas kemiripan yang ditetapkan akan dikembalikan kepada penulis untuk diperbaiki atau dapat ditolak sesuai dengan kebijakan editorial.

Selain persentase kemiripan, tim editor juga melakukan evaluasi terhadap sumber-sumber kemiripan untuk memastikan bahwa sitasi, kutipan, dan penggunaan referensi telah dilakukan secara benar sesuai dengan etika publikasi ilmiah.